Детектив Конан: Алое алиби

История вращается вокруг девушки по имени Ноль Два — не просто имени, а кодового обозначения, как и у других из её окружения. В начале повествования героиня страдает от провалов в памяти, причина которых остаётся загадкой. Она помнит лишь своё заточение, а всё, что было до тюрьмы, стёрто из её сознания. Лишь изредка перед ней мелькают обрывки воспоминаний о женщине, заменившей ей мать. Эта женщина сыграла ключевую роль в формировании личности Ноль Два.

Однажды в её памяти всплывает момент, когда та самая "мама" принесла книгу с иллюстрациями. Сама история в книге не привлекла внимания девушки, но картинки оставили след. Позже выясняется, что в прошлом над ней проводили странные эксперименты в месте под названием "Сад" — секретной лаборатории. Там она встретила мальчика по имени Хиро, носившего номер Ноль Шестнадцать. Вместе они попытались бежать, но были схвачены почти сразу. В тот момент Хиро пообещал жениться на ней, но после поимки их воспоминания стёрли, и они забыли друг друга.

Однако спустя время Ноль Два начинает вспоминать того, к кому испытывала чувства, и решает во что бы то ни стало его отыскать. Её поиски становятся движущей силой сюжета, раскрывая тайны прошлого и связь, которую не смогли уничтожить даже стиранием памяти.