Тайваньская девушка-наёмница по прозвищу Стеклянное Сердце решает свести счёты с жизнью, бросившись с крыши. Но вместо смерти её ждёт жестокая ирония судьбы — она приземляется на металлические прутья ограды, повреждает сердце, но остаётся жива. После пересадки донорского органа она впадает в кому, где её преследуют загадочные видения. Очнувшись, она отправляется в Японию на поиски женщины, чьё сердце теперь бьётся в её груди — бывшей напарницы легендарного Городского Охотника Рё Саэбы.
Автор подчёркивает, что «Сердце ангела» заимствует лишь образы персонажей из «Городского охотника», но не является прямым продолжением. Действие разворачивается в альтернативной реальности, где сюжетные линии оригинальной манги не имеют никакого значения. Это самостоятельная история, в которой знакомые герои появляются в новых обстоятельствах, сохраняя лишь внешность и некоторые черты характера.
Судьба сводит героиню с теми, кого она видела в своих снах, и прошлое донора сердца становится ключом к разгадке её собственной жизни. Вопреки ожиданиям, пересадка органа принесла не только физическое исцеление, но и странную связь с чужой памятью, затянувшую её в водоворот событий, где правда оказывается причудливее любых грёз.